Deep Learning Specialization on Coursera

课程主页: https://www.coursera.org/learn/dna-mutations

在Coursera的生物信息学系列课程中,’寻找DNA和蛋白质中的突变’是一个令人兴奋且具有深度的课程,适合希望深入了解基因组变异的学生。该课程构建在之前讲解基因组测序和比较的基础上,专注于如何在DNA和蛋白质中找到潜藏的突变。

课程的前半部分主要探讨个体基因组如何与物种的’参考基因组’不同。我们将通过从个体获取小片段DNA,并将这些片段’映射’到参考基因组,来解决这一问题。在这里,组合模式匹配算法将起到关键的作用。

课程内容结构清晰,具体如下:

1. **第1周:读映射简介**
学习如何定位导致疾病的突变以及生物学家为何尚未开发出HIV疫苗。

2. **第2周:Burrows-Wheeler变换**
引入一种新的范例,详细讨论其在字符串压缩和现代读映射算法中的应用。

3. **第3周:加速Burrows-Wheeler读映射**
通过处理具有错误的模式,优化算法,以模型化生物学中处理带有错误的序列映射的问题。

4. **第4周:隐马尔可夫模型简介**
关注高变异序列的比对,并引入动态规划帮助解决问题。

5. **第5周:序列比对的Profile HMM**
讲解如何将隐马尔可夫模型应用于与Profile HMM相关的序列比对。

6. **第6周:生物信息学应用挑战**
最后一周的应用挑战,将所学到的HMM序列比对算法进行实际应用。

整体而言,该课程不仅扎实,而且提供了大量实际的、生物信息学领域内的应用挑战,帮助学员巩固和应用所学的知识。课程中的每个模块都结合了计算方法与生物学问题,使得学习者可以更有效地理解复杂的概念与技术。对于那些希望在生物信息学领域深造或研究的学生来说,这绝对是一个不可错过的课程。

课程主页: https://www.coursera.org/learn/dna-mutations

作者 CourseEye