课程主页: https://www.coursera.org/learn/metagenomics
课程概述
在现代生物医学研究中，代谢组学是一项前沿技术，它通过研究微生物群落的组成和功能，揭示了微生物与人类疾病及抗生素耐药性之间的关系。本课程“代谢组学在病原体监测和抗生素耐药性中的应用”专注于如何利用代谢组学和全社区测序来进行有效的监测。
课程大纲
从取样到测序
该模块将介绍代谢组学的基本概念，包括进行代谢组学研究时需要考虑的事项和必要的控制措施。学员将学习：
- 取样和样本处理 – 取样计划背后的考虑因素，如何实际执行取样，以及样本储存如何影响代谢组学结果；
- DNA和RNA提取方法 – 适用于细菌和病毒微生物；
- 测序 – 从文库准备到不同测序技术的基本概念。
从测序结果到结果解释
该模块将介绍代谢组学数据的生物信息学分析基础，包括不同类型的分析和可用的不同算法。学员将学习质量控制、MGmapper和KRAKEN（两个开放获取的生物信息学管道）以及ResFinder（抗生素耐药基因数据库）。借助真实研究的示例，学员将了解到生物信息学分析所面临的一些挑战。
结果解读及代谢组学的监测潜力
该模块将介绍两种分析和解读序列读取的方法 – 分类和组装。学员将看到如何可视化读取计数以及如何将代谢组学与解释性数据结合分析。最后，学员将了解代谢组学在未来全球与综合监测中的潜力，以及在这一过程中可能遇到的挑战。
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